Época Preincaica: La zona de Cajamarca estuvo habitada por diversas culturas preincaicas, como los Cajamarcas y los Huacalomas. Estos grupos dejaron importantes vestigios arqueológicos, como las Ventanillas de Otuzco y el complejo arqueológico de Cumbemayo.

Época Incaica: Cajamarca fue un lugar estratégico para los incas y el emperador Inca Atahualpa tenía su residencia en la ciudad en el momento de la llegada de los españoles. La conquista española comenzó en Cajamarca con la captura y posterior ejecución de Atahualpa por Francisco Pizarro en 1532.

Colonia y República: Durante la época colonial, Cajamarca fue un importante centro minero y agrícola. La ciudad desempeñó un papel crucial en la historia de la independencia peruana, siendo escenario de importantes batallas.